Se denominan marcadores genéticos a  aquellas señales, sean del tipo que sean, que sirven para indicarnos la presencia cercana de un gen de interés en un cromosoma dado. La señal a la que se hace referencia puede ser un rasgo determinado (fenotipo) o bioquímico, y debe ser fácilmente identificable para facilitar la localización de uno o más genes. Pueden indicarnos, por ejemplo, la resistencia a una determinada enfermedad (estrés biótico), tolerancia a salinidad (estrés abiótico), sin necesidad de que las mencionadas situaciones se hayan presentado; en otras palabras, si este organismo tiene tal señal, presentará tal resistencia o tolerancia.

¿Cómo se los aplica?
Cuando se observa que dos señales aparecen siempre juntas en un individuo (por ejemplo: hojas lobuladas y pétalos disciplinados), y esas características se repiten a través de las generaciones, se dice que ambos rasgos (o señales) están asociados y, por lo tanto, se infiere que se encuentran próximos en el cromosoma. Caso contrario, si hay dos rasgos que se relacionan con muy baja frecuencia a través de las generaciones se dice que o están muy lejos en el cromosoma, o bien en cromosomas diferentes.

¿Para qué sirven?
El conocimiento de estas asociaciones de señales sirve para predecir las cualidades de un organismo; es decir, la aparición de una de ellas me indicará la presencia de la otra y, con esto, se aceleran los tiempos del proceso de mejoramiento.

Los marcadores genéticos pueden ser: morfológicos, bioquímicos y moleculares, cada uno con sus ventajas y desventajas.
Los más evidentes son los marcadores morfológicos:coloración, tamaño, rasgos, diferencias en el crecimiento y en el comportamiento, etc.
El marcador bioquímico más utilizado es el denominado análisis de isoenzimas. Esta técnica se basa en la separación de enzimas con la misma función, pero diferenciadas en tamaño, carga o conformación. Es una técnica muy utilizada por su sencillez y economía de manejo, pero tiene la limitación de poseer una baja sensibilidad.
Por otro lado, se definen como marcadores moleculares  las señales que se pueden generar de un organismo tomando como base el ADN.

Los marcadores moleculares, como herramienta para la caracterización y diferenciación entre genotipos, fueron rápidamente utilizados por genetistas y mejoradores de plantas.

Como herramientas para la detección de variabilidad genética y para la identificación de materiales, presentan una serie de ventajas respecto de otros marcadores (como por ejemplo, los proteicos): su neutralidad en relación con el proceso de selección, su poder de resolución, tienen una alta sensibilidad y generan una gran cantidad de señales que permiten, con celeridad y altísimo grado de certeza, discriminar en forma inequívoca entre individuos muy relacionadas genéticamente (por ejemplo, semillas pertenecientes a una misma vaina). Por lo tanto, son la herramienta de aplicación para la generación de las huellas digitales genéticas (en inglés, fingerprint), en los estudios de parentesco (el famoso ADN por la paternidad dudosa).

Ofrecen otras ventajas:
-Se pueden detectar pequeñas variaciones con mínimas cantidades de material.
-No son afectados por el fenotipo, son totalmente neutros.
-Pueden detectarse en cualquier época del año y cualquier estado de desarrollo (incluso, embrionario).
-Se distribuyen a lo largo de todo al ADN del individuo, lo que facilita la ubicación de los genes y permite construir los mapas genéticos.
-Dependiendo de la técnica que se aplique, muchos de estos marcadores son codominantes (revelan ambos alelos).
-El número de variaciones (polimorfismo) que pueden generar es enorme.

Existen diferentes tipos de técnicas usadas para generar marcadores moleculares a partir de ADN; en nuestro laboratorio de Biología Molecular del Instituto de Floricultura del INTA-Castelar, hemos puesto a punto una técnica que se denomina microsatélites anclados, y se basa en multiplicar (incrementen su cantidad respecto del resto de la molécula de ADN; a este proceso los biólogos moleculares lo llaman amplificación), por medio de una enzima (la Taq polimerasa) y otros reactivos específicos, ciertas regiones del ADN. Que esas regiones de ADN se multipliquen, o no, depende de cada individuo, y eso le da la especificidad que caracteriza a los marcadores que se basan en este principio.

Para el desarrollo de técnica, el protocolo comienza aislando y purificando el ADN a partir del tejido elegido (comúnmente hojas), al igual que con las proteínas se utilizan soluciones de extracción adecuadas para tratar que el ADN se degrade lo menos posible.